La gestion de la Ligue est assurée par un Conseil d'Administration (Président J.P. Willaert), un Comité de direction (Administrateur délégué Th. Pierard) et la Direction (Directeur général Dr. F. Van de Casseye).
L'ensemble des informations scientifiques et médicales sont approuvées par un Comité scientifique (présidé par le Dr. Luc Missault, AZ Sint-Jan Brugge), au sein duquel sont représentées toutes les universités belges et les représentants de la médecine générale de Belgique.
La Ligue Cardiologique Belge fait partie d'un réseau européen de prévention cardiovasculaire appelé European Heart Network. Son directeur général siège dans le Board de l'European Heart Network.
La Ligue Cardiologique Belge est également membre de la Fédération Mondiale du Coeur.